合法。农民专业合作社可以做公司的股东。
农民专业合作社法赋予了农民专业合作社与公司、企业等经济体同等法律地位、法人地位、经济地位。农民专业合作社也和其他公司等经济体一样，甲公司可以投资乙公司，成为乙公司的股东。
法人原则与有限责任原则作为现代企业法人制度中的基本制度，其法理依据是为在股东与公司债权人之间达成一种风险与权利的平衡。
股东作为投资者享有所有者的分享收益、重大决策和选择管理者等权利。推动经济的发展效果。促进资金的横向融通和经济的横向联系，提高资源配置的总体效益。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第三条 公司是企业法人，有的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
